中科大在miRNA异构体研究领域取得新进展
发布时间：2016-06-23 来源： 浏览：4
近年来，随着二代测序技术在small RNA研究领域的广泛应用，证实了miRNA异构体（isomiR）的存在。isomiR在动植物的生理和病理状态下发挥着重要调控作用，但相关的生物信息学资源罕见报道。
为了解决isomiR领域缺乏专业数据库的问题，史庆华教授研究组利用自主研发的CPSS算法对来自8个物种的2727组小RNA测序数据进行了深度挖掘，共发现来源于4706种成熟miRNA的308919种isomiR。进一步分析表明，isomiR在物种间存在保守性。相关结果以“IsomiR Bank: a research resource for tracking IsomiRs”为题发表在《Bioinformatics》杂志上。
此外，为了解决缺乏isomiR系统分析工具的问题，史庆华教授研究组开发了针对二代测序数据的isomiR检测和注释工具-DeAnnIso。该工具可以检测小RNA测序数据中的isomiR，并筛选出样本间差异表达的isomiR。对检测到的isomiR提供系统注释，包括isomiR的表达信息、分类信息、基因组SNP信息。用户可以方便地筛选出特定类型的isomiR，利用DeAnnIso提供的靶基因预测和富集分析模块来深入研究isomiR对下游靶基因的影响。该研究组成功利用DeAnnIso对Spo11敲除小鼠睾丸小RNA测序数据进行分析，发现iso-miR-30a-5p在其seed序列存在一个A-G的碱基替换，并特异的识别靶基因Polb。相关结果以“DeAnnIso: a tool for online detection and annotation of isomiRs from small RNA sequencing data”为题发表在《Nucleic Acids Res》杂志上。
该工作在史庆华教授指导下，由生命学院特任副研究员张远伟带领BioStaCs小组完成。研究工作得到了国家科技部、基金委和中科院等支持。
为了解决isomiR领域缺乏专业数据库的问题，史庆华教授研究组利用自主研发的CPSS算法对来自8个物种的2727组小RNA测序数据进行了深度挖掘，共发现来源于4706种成熟miRNA的308919种isomiR。进一步分析表明，isomiR在物种间存在保守性。相关结果以“IsomiR Bank: a research resource for tracking IsomiRs”为题发表在《Bioinformatics》杂志上。
此外，为了解决缺乏isomiR系统分析工具的问题，史庆华教授研究组开发了针对二代测序数据的isomiR检测和注释工具-DeAnnIso。该工具可以检测小RNA测序数据中的isomiR，并筛选出样本间差异表达的isomiR。对检测到的isomiR提供系统注释，包括isomiR的表达信息、分类信息、基因组SNP信息。用户可以方便地筛选出特定类型的isomiR，利用DeAnnIso提供的靶基因预测和富集分析模块来深入研究isomiR对下游靶基因的影响。该研究组成功利用DeAnnIso对Spo11敲除小鼠睾丸小RNA测序数据进行分析，发现iso-miR-30a-5p在其seed序列存在一个A-G的碱基替换，并特异的识别靶基因Polb。相关结果以“DeAnnIso: a tool for online detection and annotation of isomiRs from small RNA sequencing data”为题发表在《Nucleic Acids Res》杂志上。
该工作在史庆华教授指导下，由生命学院特任副研究员张远伟带领BioStaCs小组完成。研究工作得到了国家科技部、基金委和中科院等支持。
