世界一流大学都有自己的大学章程，大学章程的核心内容就是确立大学使命以及治理结构，从而决定大学未来发展的方向和水平。南方科技大学作为国家高等教育综合改革试验校，积极探索建立现代大学制度，紧抓大学章程建设，以建立国际化高水平研究型大学为使命，以理事会为治理机制核心，在我国内地公立高校中率先实行理事会决策，向大学依法自主办学迈出了实质性步伐。
治理机制的核心——拥有真正决策权
2010年南科大获准筹建，即制定了《南方科技大学章程（草案）》，大胆突破，探索理事会治理机制，在内地公办高校中率先实施世界一流大学行之有效的理事会治理制度。此前我国部分公立高校已陆续成立理事会或董事会，但它们均定位为协调、咨询、筹资或产学研合作机构，并非决策治理机构。
2011年5月24日，深圳市政府颁发了《南方科技大学管理暂行办法》，以“一校一法”的形式，规定南科大要坚持追求卓越、学术自由、学者自律的大学精神，遵循理事会治理、教授治学、学术自治的原则，培育和发挥大学应有的活力和创造力。
2011年7月16日，深圳市市长、南科大理事会理事长许勤主持召开了南科大第一届理事会第一次会议，标志着南科大正式建立了理事会治理机制，会议对《南方科技大学章程（草案）》进行了审议。
《南方科技大学章程》规定，理事会是学校的决策机构，审议和决定有关学校发展的重大问题，保障学校面向社会依法独立自主办学。并明确规定理事会会议为理事会的最高决策形式。
南科大理事会由政府代表、南科大校长及管理团队、教职工等代表和社会知名人士等组成。理事会设理事长和副理事长，理事长由深圳市市长或市长委任的人员担任。理事由市政府聘任。理事会会议由理事长负责召集和主持，理事长可以根据工作需要或不少于三名理事的书面提议，召集理事会会议。理事长可以委托副理事长代为负责召集和主持。理事会会议应当有三分之二以上的理事出席方可以举行。理事会作出决议，须经出席会议人员三分之二以上通过。
南科大理事会职责主要包括以下几项内容：（一）根据本办法规定聘任或解聘校长；（二）根据校长提议聘任或解聘副校长；（三）审定学校章程或章程修改草案；（四）审定学校的财务预算和决算报告；（五）审议批准学校中长期发展规划、年度工作计划、年度工作报告；（六）审议批准学校人员总额以及人力资源管理等重要制度；（七）审议批准学术单位和行政单位的设立、变更或撤销；（八）审议批准关系学校发展的其他重大事项。
从南科大理事会职责可以看出，理事会具有校长任免权。南科大理事会根据校长遴选委员会的推荐提出校长人选，报经市政府按规定程序审定后聘任；理事会可动议解聘校长。根据校长的提议，审议决定聘任或解聘副校长。理事会支持校长及其管理团队在任期内实现办学目标，并负责监督和考核。
同时可以看出，理事会对学校重大事项具有审批决定权，这体现了理事会作为学校真正决策机构的功能，并从制度上加以充分保障。
治理机制的目标——实现办学自主权
南方科技大学实行理事会治理机制，这是对传统大学体制下政府集举办者、管理者和办学者于一身的一大突破，真正实现了政校分开、管办分离；使得南科大的运转不再依靠行政官员指令。
理事会只对涉及学校发展的重大事项进行决策, 给以校长为首的高层管理人员充分的信任与支持，而不直接介入高校日常管理。学校决策权与执行权分离，形成内部制衡机制，同时，校长对理事会负责，理事会与校长团队目标一致，分工协作。
在理事会治理机制下，在充分体现教授治学、学术自治的原则下，南科大享有很大自主权：
（1）全员聘任制。按理事会批准并经机构编制部门核定的员额标准，建立适应学校发展需要的教师、员工队伍。目前，南科大已实行全员聘任制、员额管理等人事管理办法，打破了大锅饭、铁饭碗的传统体制。
（2）职称评审权。南科大教师任职资格的评审，由学校决定，评聘合一。学校拥有较高的用人自主权。
（3）薪酬分配权。南科大教师和工作人员，按照学校聘用的岗位领取薪酬。南科大根据理事会批准的薪酬制度，确定教师和员工薪级，发放薪酬。
（4）学术自主权。一是自主设置和调整学科、专业，开展教学、科学研究和社会服务活动；二是自主制定教学计划、选编教材、组织实施教学活动，自主制定减免收费制度并接受社会监督；三是自主与境内外高水平大学和研究机构联合建立教学科研中心，开展科学技术交流与合作。
南科大通过建立以理事会治理机制为核心的大学制度，其根本目的就是要在大学与政府间建立起一种相对平等的关系，重塑大学与政府的关系，淡化大学内外部管理中的行政色彩，充分尊重大学办学自主权，从而增强高校的活力和动力，促进高等教育发展，提高高等教育质量，培养创新人才。
治理机制重要特征——扩大社会参与度
社会参与办学，是现代大学制度的重要特征之一。高校服务社会，面向社会自主办学，需要社会参与。
南方科技大学理事会治理机制以及相关制度，为社会参与办学提供了很好的制度保障。
南科大理事会理事总人数不超过30名。理事分为当然理事和推举理事，当然理事包括深圳市市长或其委任的人员、南科大校长及总数不超过全体理事成员三分之一的深圳市政府有关部门负责人。推举理事包括南科大管理团队代表、教职工代表和教授代表，总数不超过全体理事成员的三分之一；国内外著名大学校长及教育界专家和知名人士、关心和支持南科大的工商界及其他社会知名人士，总数不少于全体理事成员的三分之一。
目前，南科大理事会27名理事中政府、学校之外的“社会知名人士”占14席，比例超过二分之一。社会理事与政府理事、学校理事享有同等权利，具有理事会议发言权、表决权，对理事会议的建议权，对学校事务的知情权和建议权。
社会理事参与南科大理事会，标志着社会力量进入南科大的核心机构，并发挥了社会办学的作用。这是理事会作为高校与社会的桥梁、作为高校与政府间“缓冲器”的一项重要制度设计。
迄今为止，南科大理事会举行了三次会议，社会理事为南科大的办学目标、发展规划、校园建设、学科建设、教学改革、经费筹措、招生制度等重大工作进行了有效的指导和决策。
南科大理事会充分吸收社会力量参与，对于保障南科大的法人地位，维护学校的办学自主权，调节学校与社会各方面的关系，筹措教育经费，发挥了重要作用。
《南方科技大学章程》通过一系列制度的设计和制定，使南科大在内地公办高校中率先实行理事会治理制度，是高校内部治理结构建设方面的一项有益探索和尝试。
南科大创校校长、中科院院士朱清时指出：“理事会治理模式界定了政府、学校、社会的关系，有利于实现政校分开、管办分离，让政府退出学校微观管理，减少行政干预，落实和扩大高校办学自主权；理事会比政府离学校更近，更了解学校的实情和需求，更容易形成、支持符合教育规律的决策；理事会吸纳了社会知名人士加入，有利于凝聚社会智慧和力量，及时响应社会需要，群策群力，迅速建成国际化高水平研究型大学。”（李平 作者系南方科技大学党委副书记）
《中国教育报》2013年11月18日第5版http://gaojiao.jyb.cn/sjts/201311/t20131118_560013.html